علاوه بر رویه های اجباری کنترل کیفیت که در ماژول خرید اعمال می‌شود. ماژول مجزای کنترل کیفیت امکان تعریف رویه های خاص کنترل کیفیت و اعمال آن بر ماژول‌های خرید، فروش، تولید و انبار را فراهم کرده و همچنین تعریف برنامه ‌کنترل کیفیت‌های دوره‌ای به خصوص ویژه صنایع داروسازی را نیز در اختیار مدیران قرار می‌دهد. از جمله ویژگی‌های آن:
• ارتباط مستقیم با حوزه خرید به منظور کنترل اقلام ورودی و جلوگیری از توزیع و رسید قطعی کالا در انبار قبل از مشخص شدن نتایج طرح کیفیت مربوطه در این بخش
• ارتباط مستقیم با تولید به منظور انجام آزمایشها و تستهای استاندارد حین فرآیند و جلوگیری از ادامه کار کالای معیوب در فرآیند تولید
• ارتباط مستقیم با انبار به منظور انجام بازدید‌های کیفی دوره‌ای در انبار و کنترل کالای انبارش شده از نظر کیفی و حصول اطمینان از تحویل کالای سالم و نگهداری آنها در انبار ها
• امکان تعریف نوع نمونه برداری بر اساس روش‌های نمونه‌گیری صد در صد یا نمونه‌گیری MIL-STD
• تعریف طرح‌های سخت گیرانه در صورت مردود شدن طرح‌های نرمال تعریف شده در سیستم
• تعریف طرح‌های بازرسی مشتریان و ثبت نتایج آزمون و تحلیل آن در سیستم